由于刑事诉讼法及相关的司法解释只规定了立案管辖和审判管辖，实践中对于管辖有异议后指定管辖的案件，一般有两种处理方法:一是在对该案件侦查终结后，将案件移交犯罪地或犯罪嫌疑人居住地的公安机关，由该公安机关移送相应的检察机关提起公诉;二是被指定立案侦查的公安机关报请其上一级公安机关与该市中级法院协商后，中级法院指定该市某基层法院管辖，并通知与中级法院对应的市检察院，市检察院再通知相应的基层检察院。
按照第一种处理办法，犯罪地或犯罪嫌疑人居住地的公安机关还需要进一步熟悉案件情况，然后再移送起诉，这可能会增加工作量，影响诉讼效率，但由于相应的检察机关具备对该案的公诉权、相应的审判机关具备对该案的审判权，避免了一些汇报、协商、指定环节，从这个意义上讲，也提高了司法效率。
按照第二种处理办法，负责侦查的县级公安机关首先要向其上一级公安机关汇报，其上一级公安机关再与当地中级法院协商，法院经研究确定由某一基层法院审判后，还要通知市级检察院，再由市检察院通知与被指定法院对应的基层检察院。这样一来，每个环节可能都需要协商、研究，可能还会出现意见不一致的情况，如果采取了逮捕强制措施，侦查羁押期限前尚未能确定公诉机关，侦查机关可能不得不申请延长侦查羁押期限或变更强制措施，如果已经延长过侦查羁押期限且不宜变更强制措施，就有可能面临超期羁押的情况。
由于现有法律和司法解释对刑事案件指定管辖方面规定的不够具体，这些困惑在将来的司法实践中还可能常常会遇到。笔者认为，应当通过立法来弥补有关空白，通过刑事诉讼法的修改完善，对于指定管辖进一步明确规范，尤其是在立法上要搞好立案管辖、公诉管辖和审判管辖的衔接，以减少不必要的协商、协调环节，进而提高司法效率。
