刑诉法第49条规定，“公诉案件中被告人有罪的举证责任由人民检察院承担”。这一规定对于如何解决刑事诉讼过程中真伪不明的疑难案件具有重要的指导意义。
证据体系亦称证明体系，是指以证明指控的犯罪事实为导向，将查证属实的证据，根据证明作用的大小和证明对象的特征进行合理有效配置，构建一个主次分明、井然有序的有机整体。在司法实践中，证据体系的构建，必须掌握一定的策略和技巧。
根据证据的证明作用将证据划分为基准证据、优质证据、冗余证据等类型对每一起移送审查起诉的案件，侦查机关(部门)都收集固定了数量不等的证据材料。在这些证据材料中，哪些能够直接将犯罪事实与犯罪嫌疑人联系在一起，哪些就是该案的“基准证据”。如，在犯罪现场提取的一把刀，上面既有血迹又有指纹，经检验血迹系被害人的，指纹系犯罪嫌疑人的，这把刀及上面所黏附的血迹及指纹能够将犯罪事实与犯罪嫌疑人直接联系起来，就是该案的基准证据。证人的现场目击证言、犯罪嫌疑人的认罪供述均是基准证据。基准证据在证据体系中重在解决两方面的问题:第一，有没有(如果有，是哪些)证据能够将犯罪嫌疑人与指控的犯罪行为联系起来？第二，这些证据是否足以证明犯罪嫌疑人确实实施了该案的犯罪行为？
对于特定的事实，证明方法及证据本身亦有优劣之分、高下之别。一般而言，我们应当高度重视那些“自身证明力强、不容易发生变化、辩方难以提出质疑”的证据，可称之为“优质证据”。在司法实践中，常见的优质证据有以下类型:第一，关于社会公共事实的证据，如公共管理记录、档案；国家机关、社会团体依职权制作的官方文件，商业活动、社会管理活动的流水登记(如高速路口的记录、银行记录)。第二，非专门为该案诉讼目的而预先制作的材料。第三，实物证据。第四，科技证据。
在诉讼活动中，不是证据越多越好；证据应当是越精越好。对那些既增加举证负担又会产生混淆争点的证据，我们将其称为“冗余证据”。就同一事实存在多个同类证据时，应当“去粗存精”。例如，证人应当优先选择具有亲身感知的证人，如目击证人；如果都是目击证人，则应当优先选择视力好、记忆力好、表达能力强、不宜受外界影响的证人。就同一事实存在多个证据种类时，应当根据证据的客观性强弱进行甄别。这里的判断标准应该是:该证据自身是否容易受到质疑，以及受到攻击、质疑时，举证反驳的难易程度。
对证据分类之后，在具体案件中，应当依次确立案件的基准证据是什么；甄选证明犯罪事实的优质证据；剔除证据中的冗余证据。
以基准证据是直接证据还是间接证据为划分标准，证据体系的构筑可以分为两种类型。第一，以直接证据为基准证据时，该证据体系的构建以该直接证据为核心，其他证据均围绕该核心证据来印证该证据的真实可靠性。这是一种立体的证据体系，像一棵树。如果以证人的现场目击证言、犯罪嫌疑人的认罪供述为基准证据，案件的其他证据均围绕该证言或供述的情节进行验证。第二，以间接证据为基准证据时，将该基准证据作为该证明体系的起点和终点，其他证据以该证据为始点，环环相扣，形成一个闭合的链条。这是一种平面的证明体系，证据之间彼此衔接、相互印证。
在证据体系构筑过程中，必须高度重视反向性证据的巨大冲击力反向性证据，是指否定犯罪事实系犯罪嫌疑人所为或证明方向不指向犯罪嫌疑人的证据，如犯罪嫌疑人不在犯罪现场的证据，从现场或被害人身上所提取的遗留物或信息非犯罪嫌疑人所留或所为的证据。反向性证据通常亦表现为一种证据与其他证据之间的关系，证据与事实推理、日常逻辑之间的关系。
反向性证据犹如房屋结构中的某个薄弱环节，一旦受到攻击，往往会带来房倒屋塌的严重后果。因此，在证据体系构建中，必须予以高度重视，其排除理由一定要充分且符合事物内在的规律及相互之间的逻辑关系。
作为构筑证据体系的策略，应注重发挥律师的积极作用首先，要借用辩护律师的出罪思维对证据体系进行检验。如果辩护律师提不出站得住脚的辩护理由，无疑可以强化检察人员的举证信心。其次，要善于借用辩护律师的反向思维。辩护律师习惯于反向思维。因此，更容易看到事实认定中的纰漏、断裂或错误。刑事诉讼的事实认定是一种由证据推论事实真相的回溯性证明。因此，往往存在多因一果的可能性。辩护律师的参与，可以有效发现推理中的断裂、错误。在此意义上，“经得起历史检验”首先意味着经得起辩护律师的质疑与检验。
通过证据体系的构筑，每个证据在发挥自身证明作用的同时，又与其他证据相互连接，彰显出其潜在信息的证明价值，揭示出事物的内在联系性，将由证据到事实的这一推理过程中所蕴含的客观规律、社会生活规律、人类认识规律及相互之间的逻辑关系清楚地揭示出来，从而达到证明的目的，以证据的“确实充分”演绎出令人信服的“事实清楚”。
